L'assassinat de Joan Borja

La incapacitat política i militar del duc de Gandia havia desfermat la rivalitat del seu germà Cèsar. Potser, també influïa la gelosia (ambdós germans es gitaven amb la seua cunyada Sança). Pel juny de 1497, mentre la irritació de Cèsar Borja anava en augment, Joan fou nomenat duc de Benevento i Terracina, dos enclavaments pontificis en terres napolitanes. Una setmana després del nomenament, Joan i Cèsar havien de partir cap a Nàpols, l'un a ser investit dels seus ducats i l'altre a coronar el rei Frederic en nom del papa. Abans de partir, soparen a la vinya de Vanozza. En acabar el sopar, Joan muntà a cavall en companyia d'un misteriós personatge emmascarat. Pel que sembla, aquella nit tenia un afer amorós. Ningú no el tornà a veure viu. Al cap d'uns dies, trobaren en el Tíber el seu cadàver ple de nafres. Les armes i la bossa amb els diners estaven intactes. En un principi, les sospites recaigueren sobre els Orsini. Tanmateix, no hi hagué cap investigació. El papa Alexandre VI udolava de dolor. Acceptà la mort del fill com un castic del cel, com una penitència pels seus pecats. Fins i tot creà una comissió pontifícia per a reformar i moralitzar la vida de l'Església i de la cort papal. Mesos més tard, les sospites recaurien en Cèsar.