Les despulles del fill d'Alexandre VI romangueren poc de temps al sepulcre de Santa Maria de Viana; a mitjan segle XVI, un bisbe de la diòcesi de Calahorra, a la qual pertanyia la parròquia de Viana, considerà sacrílega la permanència del mort en lloc sagrat. Ordenà traure'l i enterrar-lo a la Rúa Mayor, para que en pago de sus culpas le pisoteen hombres y bestias. El mausoleu de Cèsar, emplaçat al cor de l'església, fou destruït. En 1884, les seues suposades restes foren localitzades al Carrer Major, als peus de l'escalinata de la portada principal de l'església. En 1934, Victoriano Juaristi realitzà un Sepulcre de Cèsar Borja que es va instal·lar a l'ajuntament. Va desaparèixer a conseqüència de la Guerra Civil. En 1945, les despulles foren exhumades de nou i s'analitzaren. En 1953, es traslladaren a la portada de l'església de Santa Maria —es dipositaren en l'atri exterior— sota una làpida de marbre blanc amb una inscripció: César Borgia generalísimo de los ejércitos de Navarra y pontificios muerto en campos de Viana el XI de marzo de MDVII. Amb motiu del 500 aniversari de la seua mort, hom sol·licità a l'arquebisbe de Pamplona, Fernando Sebastián, el trasllat de les restes a l'interior del temple, petició que fou denegada. Però les autoritats locals de Viana instal·laren una creu a la Barranca Salada per a recordar el lloc en què possiblement va morir Cèsar Borja el 12 de març de 1507.
Sepulcre de Cèsar Borja, obra de Victoriano Juaristi (1934)
i tomba actual a l'atri exterior de l'església de Santa Maria de Viana (Navarra)
